Bodenkirchen ist die größte Ortschaft in der Gemeinde. Der Ort ist Sitz der Volksschule Bodenkirchen. Als Pfarrdorf gehört die Pfarrei Bodenkrichen der Diözese Regensburg an.
Um Bodenkirchen liegen die Dörfer, Weiler oder Einöde:
Ellenbogen, Wagmannsberg, Burg, Hollreit, Putzing, Holzleiten, Stetten, Wifling und Hargarding
Zu den Sehenswürdigkeiten im Ort gehört die Kirche St. Johannes der Täufer.