Die Ortschaft Aich ist direkt an der Bundesstraße 299 gelegen und ist Sitz der Grundschule Aich. Durch den mit den Gemeindewappen neu gestalteten Kreisverkehr, der an der Kreuzung der Bundesstraße/Kreisstraße LA 1 liegt, repräsentiert sich die Gemeinde Bodenkirchen auch für den Durchgangsverkehr. Um Aich liegen die Dörfer, Weiler oder Einöde: Niederaich, Froschau, Gelting, Altfaltersberg, Bauernseiboldsdorf, Einsiedlhof, Prölling und Hinteröd. Zu den Sehenswürdigkeiten im Ort gehört die Kirche St. Ulrich.

Binabiburg liegt im nördlichen Teil der Gemeinde, nähe der Bundesstraße 388. Im Ort ist der Gemeindekindergarten und die Kinderkrippe untergebracht. An der nördlichen Ortsausfahrt befindet sich die Kläranlage der Gemeinde Bodenkirchen. Um Binabiburg liegen die Dörfer, Weiler und Einöde: Himmelreich, Höllmühle, Hub, Kresham, Hasam und Litzelkirchen. Zu den Sehenswürdigkeiten im Ort gehören die Bergkirche St. Savator, die Pfarrkirche St. Johannes der Täufer sowie das Pfarrhaus mit dem barocken Eingangstor.

Bodenkirchen ist die größte Ortschaft in der Gemeinde. Der Ort ist Sitz der Volksschule Bodenkirchen und als Pfarrdorf gehört die Pfarrei Bodenkrichen der Diözese Regensburg an. Um Bodenkirchen liegen die Dörfer, Weiler oder Einöde: Ellenbogen, Wagmannsberg, Burg, Hollreit, Putzing, Holzleiten, Stetten, Wifling und Hargarding. Zu den Sehenswürdigkeiten im Ort gehört die Kirche St. Johannes der Täufer.

In Bonbruck befindet sich der Sitz der Gemeinde Bodenkirchen. Das unter Denkmalschutz stehende ehemalige Schloss zu Bonbruck dient heute als Rathaus. In der Dorfmitte befindet sich Bürgersaal der Gemeinde, welcher im Herbst 2009 fertiggestellt wurde. Um Bonbruck liege die Dörfer, Weiler oder Einöde: Gassau, Furth, Binastorf und Götzdorf. Zu den Sehenswürdigkeiten im Ort gehören das Rathaus und die Pfarrkirche Mariä Himmelfahrt.

Der Ort Haunzenbergersöll ist ein Pfarrdorf und liegt am süd-westlichen Rand der Gemeinde Bodenkirchen. Die Grenze zum Landkreis Mühldorf ist nur etwa 300 Meter vom südlichen Ortseingang entfernt, was zugleich auch die Grenze der Regierungsbezirke Ober- und Niederbayern ist. Um Haunzenbergersöll liegen die Dörfer, Weiler oder Einöde: Grubhof, Gamsenöd, Rafolding, March, Kremping, Lehing, Oberscheuern, Königsreuth, Thal, Hauslweid, Emiching, Grabing, Petzling und Kolbing. Zu den Sehenswürdigkeiten im Ort gehört die Kirche St. Johannes.

Hilling liegt zwischen den Orten Bonbruck und Aich. In Hilling befindet sich der "Bahnhof Aich" der an der Bahnstrecke Landshut - Mühldorf liegt. Um Hilling liegen die Dörfer, Weiler oder Einöde: Sippenbach und Neuhof.

Margarethen ist ein Kirchdorf und liegt zwischen den Orten Haunzenbergersöll und  Bodenkirchen, direkt an der Kreuzung der Kreisstrassen LA 1 und LA 47. Um Margarethen liegen die Dörfer, Weiler oder Einöde: Haumpolding, Oberndorf, Barting, Wimm, Grubloh, Tiefenbach und Westenthann. Zu den Sehenswürdigkeiten im Ort gehört die Kirche St. Margareta.

Östlich von Bonbruck liegt das Dorf Michlbach direkt an der Kreisstraße LA 45. Um Michlbach liegen die Dörfer, Weiler oder Einöde: Leitern, Buch, Ensbach, Grienzing, Hainzing, Scheiben, Willaberg und Möslreit. Zu den Sehenswürdigkeiten im Ort gehört die Kirche St. Ägidus.

Pfistersham liegt im nördlichen Teil der Gemeinde direkt an der LA 1. Das Dorf liegt zwischen den Ortschaften Aich und Binabiburg. Es besteht aus einigen Höfen und Häusern mit einem kleinen Gewerbegebiet. 

Rothenwörth ist ein Kirchdorf und liegt nord-östlich an der Gemeindegrenze zu Gangkofen, was zugleich die Grenze zwischen den Landkreisen Landshut und Pfarrkirchen ist. Um Rothenwörth liegen die Dörfer, Weiler und Einöde: Maierhof, Samberg, Maueröd, Geratsfurth und Breitreit. Zu den Sehenswürdigkeiten im Ort gehören Kirche St. Simon der Eiferer und Judas Thaddäus, sowie das Schlössl Rothenwörth.

Östlich von Binabiburg liegt das Pfarrdorf Treidlkofen, direkt an der Kreisstraße LA 56. Um Treidlkofen liegen die Dörfer, Weiler und Einöde: Grub, Rimbach, Psallersöd, Jesenkofen, Maueröd und Bach. Zu den Sehenswürdigkeiten im Ort gehört die Kirche St. Ulrich.